故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
过去曾发生过战争。战后被称为“极光战争”的这场战乱，是发生在塞雷斯提亚和茵费利亚之间的战争。战争结束之后茵费利亚和塞雷斯提亚便断绝交流，一直到今天。而现在两个世界面临即将灭亡的命运。 挺身而出来拯救这场危机的，却是一群无名的年轻人。。。
在山海奇境的故事中，阿凉通过祠堂的神秘画卷结识魔法王妃，领悟了魔法凉帽的精神。在海底帮助小动物时，发现珊瑚秘境里有人类在山中生活的遗迹。与此同时，魔法王妃给阿凉预示，海洋即将遭遇危机。黑商利用海灵珠，操控海灵掠夺各种奇珍异宝，导致海灵失控灾难频发，海底世界一片破败，凤凰山秘境也动荡不安。在魔法王妃指引下，阿凉在秘境森林里发现了海洋文明的遗迹，明白了山海相连、自然平衡的秘密。阿凉秉承魔法王妃的精神，凭借勇气和智慧归位海灵珠，成功阻止灾难发生，凤凰山和海底恢复生机。
