故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
美丽的宝石之国“水晶王国” 被暗黑帝国“约顿海姆”入侵了。 水晶王国的公主、 带着蕴藏不可思议力量的五颗宝石“煌辉宝石”一起去往地球。 寻找与煌辉宝石共鸣、拥有闪耀光辉的精神“煌辉精神”的五名战士。 有四名战士齐聚后、 终于，约顿军开始侵略地球。 还有一个在哪里？ 人们在闪耀光芒之时，奇迹就此诞生… 光芒、那是身为改变未来的战士的证明！ 魔进战队煌辉者！ 从企图让黑暗吞噬世界的约顿军手中， 守护人们的笑容、希望、光辉！
3022年，蔚蓝星被外星文明入侵，无数的战争机器通过传送站点来到了这里，战争机器疯狂缩小搜索范围，夏执序正在抵抗某种侵蚀......宇宙联邦派遣的队伍——阿尔法-300，同时出现在他的眼前。 “你能想象的魔法或者高等文明科技，其实是存在的。” 陈星瑶说出了这句话，她自称来自宇宙联邦纠察队——用可视化科技面板进行任务沟通，物品收纳，技能使用。 在接二连三的险情中，夏执序发现很多疑点，决定加入阿尔法-300，去变的更强，去探查那个真相。
