200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。 主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。 一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。 云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。
欢迎来到哥谭市，这里罪犯横行，守法公民生活在无尽的恐惧之中。在悲剧之火中锻造，富有的社交名流布鲁斯·韦恩（Bruce Wayne）成为了一个不折不扣的 "蝙蝠侠"。 他一个人的正义斗争收获了哥谭市警局和市政厅中意想不到的盟友，但他的英雄行为却带来了不可预知的致命后果。
只有被選上的人才能操縱的「案山子」，據說是神的分身而受人祭祀。就在此時，東京這個大都市竟然陸續出現離奇死亡案件!!究竟是人類所為？還是…
