200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。 主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。 一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。 云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。
第12季讲述了白月初被涂山雅雅带到危险的“圈外”发动了她的独门绝技镜花缘，唤醒了白月初失落的记忆，揭开了东方月初当年是如何在道盟推动人和妖和平的背后故事。
在山海奇境的故事中，阿凉通过祠堂的神秘画卷结识魔法王妃，领悟了魔法凉帽的精神。在海底帮助小动物时，发现珊瑚秘境里有人类在山中生活的遗迹。与此同时，魔法王妃给阿凉预示，海洋即将遭遇危机。黑商利用海灵珠，操控海灵掠夺各种奇珍异宝，导致海灵失控灾难频发，海底世界一片破败，凤凰山秘境也动荡不安。在魔法王妃指引下，阿凉在秘境森林里发现了海洋文明的遗迹，明白了山海相连、自然平衡的秘密。阿凉秉承魔法王妃的精神，凭借勇气和智慧归位海灵珠，成功阻止灾难发生，凤凰山和海底恢复生机。
