故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
虽然安达桃（千叶纱子 配音）的外表时尚个性奔放，但在内心里，她其实是一个对感情懵懂而转移的好女孩。在小桃的眼里，东寺森一矢（木内秀信 配音）的身影挥之不去，但是，小桃必须好好隐藏对东寺森的感情，因为，小桃的好友柏木沙绘（那须惠 配音）是个专门喜欢抢小桃心爱之物的乖僻女。终于，小桃对东寺森的感情还是暴露了，沙绘立刻就展开了她的破坏行动。 在沙绘的干扰下，小桃和东寺森的感情结束了。正当伤心之时，好友冈安浬（铃村健一 配音）的安慰和陪伴带给了小桃振作的力量，两人的关系也越走越近。这一切都逃不过沙绘的眼睛，新的破坏行动已在酝酿之中。
故事描述在称为布雷斯提尔的世界，名为“吉尔多”的巨大组织独霸了航空技术，企图利用手中强大的科技力量控制世界。这个世界的两大国家安纳托雷和度西斯处于交战状态，为了争夺霸权，两国都委托吉尔多设计空中战舰，并且由吉尔多统一提供引擎。两名拥有一艘Oneship的飞行员克劳斯·沃克和拉维·海特，他们经营空运业务。两人在一次飞行器事故中救了名叫做艾尔维斯·汉密尔顿的少女，并且将她送往空中战舰西耶瓦那，从而卷入到悠关世界存亡的大战中去......
