故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
讲述了一群善良正义的火车侠克服重重困难，最终拯救了世界的故事。
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
只因不小心被一只受过放射性感染的蜘蛛咬伤，平凡瘦弱的高中生彼得·本杰明·帕克（尼尔·帕特里克·哈里斯 Neil Patrick Harris 饰）的人生便发生了翻天覆地的变化。从此以后，他穿上红蓝相间的紧身服，戴上面具，凭借发射出的蜘蛛丝穿梭在喧哗闹市的每一个角落。“能力越大，责任越大”，彼得以蜘蛛侠的身份，和破坏城市及世界和平的恶势力作斗争。全新的征程，更强大的敌人，女武士鹿田、The Talon、电王（Ethan Embry 配音）、蜥蜴人（罗布·赞比 Rob Zombie 配音）、银貂（Virginia Madsen 配音）等可怕对手相继登场。蜘蛛侠从不退却，勇敢地迎上前去…… 本片为采用3D技术制作的新版动画。
