四大宗門之首的玄靈宗，多年來第一次來臨水城選拔弟子，方秦兩家圍繞這一個將決定二者命運的契機，展開明爭暗鬥。最終，秦南依靠潛心修煉、絕佳天資以及奇遇所得的戰神之魂，在使者蕭輕雪的公正判罰下，成功扭轉頹勢戰勝方家。進入宗門後，秦南因捲入蕭輕雪被逼婚一事，惹來宗主之子歐陽君的仇視。爲了不斷變強，報答蕭輕雪的知遇之恩，秦南屢破強敵，連奪萬象大比、外門大比第一、與四大宗門天才共闖武緣閣，並獲得攪動大陸的驚天祕密，與冷鋒約戰生死殿、破北海家圍困臨水城之難，探索九字真言塔，誓與宗門惡勢力戰鬥到底。
顾徽作为金针世家传人，无意落入水中，醒来发现自己能看透人心。利用超能力，她成为了皇上的小心肝，太子的掌中宝，许多人的眼中钉肉中刺……
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
