大都會平凡的一天，超人（馬修·波莫 Matt Bomer 配音）以超凡的實力再次營救露易絲·萊恩小姐（斯坦娜·卡蒂克 Stana Katic 配音），當然他和叛逆的小表妹女超人卡拉（莫莉·奎恩 Molly C. Quinn 配音）以及露易絲之間的關係和煩惱同其他人相比沒有任何差別。正在此時，不明物體墜入大氣層。超人出面阻攔，卻發現來者竟是一個兇惡的機器人。他輕鬆擊敗對手，似乎對這樣的敵人不以爲意，但卡拉心底的悲傷回憶卻被勾起。原來當初氪星曾受到這種被稱爲布萊尼亞克機器人的代規模入侵，卡拉也被迫和父母分離。                                                                      　　意識到事態的嚴重性，超人必須想盡辦法保衛地球，阻擋布萊尼亞克的入侵，但他同時面臨最大的挑戰……

或許過去，又或許未來，人類大規模向宇宙殖民。當人口膨脹到五千億的時候，散落在宇宙各個角落的人類返回故土地球，卻引發了傷亡慘重的歸鄉戰爭。爲了保護地球這片聖地，人類制定了蓋亞制裁，約定不許任何人染指這裏。可是曾經作爲聯合艦隊艦長的哈洛克（小栗旬 配音）卻背叛蓋亞制裁，駕駛着他的阿爾卡迪亞號高舉叛旗，成爲逃逸一百年之久的通緝犯。聯合艦隊長官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亞馬（三浦春馬 配音）混入阿爾卡迪亞號，探尋尼伯龍根人發明的永動機的祕密。在此期間，哈洛克率領船員向地球挺近，而聯合艦隊則在太陽系佈下天羅地網阻擋他的步伐。遙遠的故土，失落已久的真相，令所有人爲之震驚……                                                                      　　本片根據松本零士的經典科幻漫畫改編。