超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。                                                                      　　时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。

自从中东乌拉圭的遗迹调查设施天国之门的大爆炸，或是说xx(Twin x)以后已经過了十几年。Twin x可以说是历史上最大的灾难。在那以后的世界，因为天空被封闭的镜“Sheltering Sky”所覆蓋，地磁场变得异常，以电脑为主的电子仪器全都不能使用，人类回到了以前的时代的生活。                                                                      　　被认定为Twin xx的主犯的圆輝道博士的子女——龙也和紀世子承受着世间的嘲讽，同时，又肩负着母亲死后遗留下來的庞大的债务，过着逃避债主的生活。                                                                      　　直到一个下雨天，二个人在街上的西式建築碰到了三个青年，命运的軸轮终于开始转动，将他們带向不可知的未來……                                                                      　　Twin xx爆发真正的原因是什么？天国之门又是什么？                                                                      　　圆博士和GILGAMESH，露加和伯爵夫人的真意是什么？                                                                      　　各种各样的迷团冒出來，关系着世界命运的战斗，被操纵，究竟会去向何方？

蓝瓶的精灵叫做库露露（水树奈奈 配音），充满活力的她无论做什么样的事情，总是冲在最前线。黄瓶的精灵叫做琪莉莉（名冢佳织 配音），个性单纯的她拥有着意外低的泪点。红瓶的精灵叫做莎拉拉（堀江由衣 配音），虽然个性有些冷淡，但在内心中，其实有着呆萌的可爱属性。绿瓶的精灵叫做荷洛洛（野中蓝 配音），成天都属于放空状态的她经常会做出一些让人啼笑皆非的举动。紫瓶的精灵叫做灵月月（桃井晴子 配音），凡是都以认真态度对待的她看起来真是可爱。                                                                      　　精灵们乘坐着五颜六色的漂流瓶来到人间，为的就是能够成为一个合格的人类，只要保持着单纯善良的本性，她们的愿望一定能够达成。

故事发生在日本的元志元年，江湖险恶，人心动荡。为了复仇，个头矮小父母双亡的少年铁之助（小林由美子 配音）以成为“鬼”为目标，要求加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组里，铁之助认识了外表温柔剑术高超的一番组组长冲田总司（斋贺弥月 配音），以及外表鬼畜却心思细密的新撰组副长土方岁三（中田让治 配音）。组中各类有趣的人等让铁之助的生后变得多姿多彩，而柔弱的少女沙夜（高桥美佳子 配音）更是撩动了少年稚嫩的心弦。                                                                      　　在新撰组内，严明的纪律必不可少，有时甚至严苛到了违背人性的地步。目睹着和激进攘夷派做着不懈斗争的组员，看着他们为了维护自己的尊严宁可丢失性命，铁之助在心里暗下决心，要让这武士道精神流传下去。

宗介与九龙决战之后，宗介继续担任千鸟的贴身保镖，可是他的性格无疑又为校园的安全和世界的和平蒙上了层层阴影，作为学生会副主席的千鸟当然不能袖手旁观，在宗介作出一些危险的事情之后，一场痛打是免不了的……

1945年，第二次世界大战由于黑月与幻兽的出现而意外终结。50年过去了，曰本仍然持续着与幻兽的激烈交战。                                                                      　　远离战场前线的青森尚未出现过幻兽。毕业于东京军官养成学校“振武台”的精英女士官石田来到青森就任第108警护师团第4中队的中队长。可是在这个毫无实战经验的中队里，大部分队员都散漫松懈。就在这个时候，幻兽突然出现。在石田的指挥下，第4中队全体出击，可是第一次面对幻兽的队员们，他们采取的行动却令人意想不到……