故事的開始是被認為是宇宙中心的星球，銀河鐵道的全部乾線的起點站迪斯迪尼(Destiny)。有紀學為了繼承不在世的父親和哥哥的遺志，加入守護銀河鐵 道的安全的空間鐵道警備隊(簡稱SDF)。SDF為了守護在宇宙被認為是正確的銀河鐵道的運行日程，應付在各線路發生的事故，如災害、救命急救、宇宙海盜 的討伐等。                                                                      　　與SDF與銀河鐵道全線拉上關系的是一神謎的美女Layla　Destiny　Shura，她持有看出人和生物，行星的命運的能力。她並不會隨時使用其力 量，讓旅客自己尋找自己的方向，可說是一個「命運的守護者」。可是，有人用邪惡的力量打算改變旅客的命運，迫使她發動出隱藏的力量。

这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。                                                                      　　由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了……                                                                      　　被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了……                                                                      　　最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。

本动画是《搞笑漫画日和》系列动画的第二季，延续了前一季的搞笑风格和形式，基本上是每一话完成一个故事，长度并不完全一致，故事内容也各式各样，保留了名侦探兔美、“绅士”熊吉、圣德太子和小野妹子等经典角色，以各种令人应接不暇的神展开，对日本历史上的名人、名作或民间故事进行滑稽戏仿，得到完全超乎观众想象的爆笑效果。                                                                      　　《搞笑漫画日和》改编自増田幸助连载于杂志上的同名漫画，由搞笑漫画奇才大地丙太郎监督，他在忠于原著的基础上，以独特的形式使其动画化，使《搞笑漫画日和》成为同类作品中的名作。

聪明伶俐的小猫咪可心、学识渊博的小狗木黑、能够将画面里的物体变为现实的神奇小鸡典典、渴望成为明星的淘气小青蛙聪聪、老实憨厚纯朴善良的小兔子唐义和天真浪漫，拥有公主梦的小鸭子莎莎，这六只可爱的小动物和小主人一起住在奶奶家，一大家子人过着相依为命热热闹闹的生活。                                                                      　　虽然小动物们非常的喜欢它们的小主人，但它们同样也异常的渴望看一看森林外面丰富多彩的世界。一次偶然中，小动物们得到了一个宝贵的机会得以走出森林，追寻马可波罗当年的足迹，进行环游世界的旅行，一路上，等待着它们的是数不清的艰难险阻，但同样的，它们收获的，是无法用价格来衡量的宝贵品质。

身为魔法王国的公主，田中蒲妮惠（佐藤利奈 配音）有着人见人爱的娇俏外表，但是，和这可爱外表极为不相衬的是，此人居然是一个绝对的法西斯主义者，只要自己的权益收到了侵害，她必然会用其特有的凶狠手段，对敌人的身体和心灵进行残酷的百倍还击。作为一个穷凶极恶的人间兵器，蒲妮惠即将来到人间进行修炼，对于善良的人类来说，这样真的没问题吗？                                                                      　　虽然也发生过误会和伤害，但是蒲妮惠好歹也在人间结交了数个朋友。外表有如冰山一般坚不可摧的大姐头（川澄绫子 配音）意外的有一颗少女般纯情的心灵；沉迷于铁道，各方面都十分优秀的大小姐国铁子（下屋则子 配音）居然传承了传说中的餐车咖喱手艺。暴力魔法少女和好朋友们的快乐生活开始了。

戎崎裕一（铃村健一 配音）是一位平凡的十七岁少年，在十七年的漫长人生中，并没有发生什么特别值得记录的事情，然而，就在这一年，裕一却因为感染了甲型肝炎而住进了医院。在医院中，裕一结识了外刚内柔的护士谷崎亚希子（小平有希 配音）和医术高明认真负责的一生夏目吾郎（平田广明 配音），除此之外，裕一还遇见了那个改变了他一生的少女。                                                                      　　少女名叫秋庭里香（高桥美佳子 配音），患有先天性心脏瓣膜不全症她是医院里的“常驻人口”。对于外面的陌生世界，里香充满了好奇，而裕一的到来无疑为她打开了一扇通往新世界的大门。尽管里香任性又傲娇，但裕一还是渐渐地喜欢上了这个天真单纯的少女，然而，在灰暗的过去和迷惘的未来之中，裕一能够坚持自己的选择呢？

这是一个女王统治一个宇宙的世界……                                                                      　　这里是宇宙的中心，是女王居住的“圣地”                                                                      　　据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。                                                                      　　本故事中登场的是两个宇宙……                                                                      　　在女王和“守护圣”守护下的——成熟，富饶而和平的“神鸟之宇宙”。                                                                      　　还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”，在那里还没有守护圣，单单只靠王女守护着。                                                                      　　然而现在，危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”……                                                                      　　17岁的少女安琪莉可，突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。                                                                      　　对平时总会一个人发呆，认为自己什么也做不好的安琪莉可来说，                                                                      　　即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。                                                                      　　在这么巨大的使命面前，安琪莉可犹豫不决……                                                                      　　在9位“守护圣”的支持下，安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……