宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。

《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。                                                                      　　-----------------------------------------------------------------------                                                                      　　【STAFF】                                                                      　　原作：SR Produce Team                                                                      　　监督：大张正己                                                                      　　监修：寺田贵信、森住惣一郎                                                                      　　系列构成・脚本：竹田裕一郎、八房龙之助                                                                      　　总作画监督：椛岛洋介                                                                      　　总机械作画监督：山根理宏                                                                      　　动作监督：铃木藤雄                                                                      　　机械设定：宫武一贵、カトキハジメ、明贵美加、斋藤和卫、山根理宏、ことぶきつかさ、大张正己                                                                      　　人物原案：河野さち子、斋藤和卫                                                                      　　人物设定：江端里沙、浜崎贤一、大笼之仁、山根理宏                                                                      　　Production设计：中北晃二                                                                      　　音响监督：龟山俊树                                                                      　　主题歌：JAM Project                                                                      　　动画制作 : 旭Production                                                                      　　演出：创通                                                                      　　制作：SRWOG PROJECT                                                                      　　【CAST】                                                                      　　南部响介：森川智之                                                                      　　Excellen Browning：水谷优子                                                                      　　Lamia Loveless：清水香里                                                                      　　Brooklyn Luckfield：杉田智和                                                                      　　水羽楠叶：高桥美佳子                                                                      　　伊达隆圣：三木真一郎                                                                      　　Raidiese Fujiwara Blanstein：置鲇龙太郎                                                                      　　古林彩：冬马由美                                                                      　　古林舞：折笠爱                                                                      　　Viletta Badim：田中敦子                                                                      　　安藤正树：绿川光                                                                      　　Ryune Zoldark：日高奈留美                                                                      　　白河愁：子安武人                                                                      　　Arado Balanga：鸡内一也                                                                      　　Seolla Schweizer：かかずゆみ                                                                      　　Latuni Subbota：平井理子                                                                      　　樱花凪沙：根谷美智子                                                                      　　水无濑大铁：柴田秀胜                                                                      　　Lefina Enfield：岩男润子                                                                      　　Sanger Somvold：小野健一                                                                      　　Raetsel Fein Schmecker：稻田彻                                                                      　　Guiliam Jaeger：田中秀幸                                                                      　　Wendoro：甲斐田雪                                                                      　　Mekiboss：石田彰                                                                      　　Vigaji：草尾毅                                                                      　　Axel Almar：神奈延年

热血而耿直的少年修在放学路上遇见沉默的少女。在突如其来的变故中，为了保护向他呼救的少女，修被卷入了陌生的时空。在荒芜的世界里，生命将何去何从……

征历1935年，欧洲大陆被东西两大武力强国一分为二。他们分别是实行君主专制的东欧罗巴帝国联合（简称“帝国”）和提倡民主共和的大西洋联邦机构（简称“联邦”）。为了争夺欧洲大陆的霸权，两大集团爆发了规模宏大的战争，史称“第二次欧洲大战”。就当整个欧洲国家都被卷入战火之时，却有一个小国宣布中立，试图独善其身，它就是卡利亚公国。只是，在这个疯狂的时代，又有谁能真正置身事外？卡利亚因此遭到帝国入侵。                                                                      　　为了拯救美丽的故乡，居住在卡利亚边境城市的青年维鲁金•吉由塔毅然加入义勇军。他的父亲曾是第一次欧洲大战的英雄，籍着命运的安排，这个立志成为自然课老师的青年也披上了戎装，投身到历史的洪流中去……

时为公元2202年。                                                                      　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。                                                                      　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，                                                                      　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。                                                                      　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。                                                                      　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。                                                                      　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？                                                                      　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。                                                                      　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。