淡幽，是最早虫师家族之一的后裔，继承了禁忌之虫，以至于一只脚不能活动。  隈罗，药袋家族的后裔，幼年不具有看到虫的能力，为了应对禁忌之虫，被长期置于荆棘之路的出口，导致“灵魂”被核食虫所食，失去“灵魂”的他，被灌入了人造虫代替自己的“灵魂”，每次使用人造虫后会变成一局空壳，需要重新灌入人造虫才能“复活”，但会失去人的感情。                    

在世界的尽头，住着一群被称为“离别一族”的古老民族：他们拥有着长寿之血和永生不老的面容。在一场外族入侵的战役中，离别一族惨遭灭族，15岁的玛奇亚虽然侥幸逃生，却彻底和朋友失去了联系。孤身一人的她在残骸中拾到了一个普通人家的遗孤，并决定收养它。然而随着时间的流逝，玛奇亚必须要学会如何做一个母亲，经历人间的生离死别，并在朝代的更迭中守护“离别一族”最后的信仰…

　　这天在小新居住的春日部附近，突然新开了一家叫“20世纪博”的游乐园。游乐园里到处播放着从前20世纪的旧的电视节目和电影，这里，一切都是从前时光的回放。每一个到了这里的大人，都沉浸在过去的旧时光里，而对小孩子来说，这些的东西一点意思都没有。令小新万万想不到的是，进入了游乐园的爸爸妈妈都不在理会其他事情，只是一直沉醉在以往的时光里。城里的大人们都进去了，只剩下了小孩子！这到底是谁的阴谋，小新他们能否粉碎这阴谋？

傳說在數萬年前，有一個世外桃源那裏生活着許多龍，由於真龍需要吸收大量的真氣，導致地球上空氣稀薄，人類瀕臨滅絕，爲拯救人類，倖存的人製造出屠殺巨龍的兵器，開始屠殺巨龍，龍族四處逃串，最後的一條巨龍逃到了中原，將龍族的希望封印於地底，而巨龍死亡時爆發的能量瀰漫於空氣中，修煉的人稱之爲龍魂。數萬年後，屠龍族的白無瑕來到萬家尋找逃亡的真龍，隱藏身份潛伏在萬家。主角萬翼是萬家的廢物青年，機緣巧合獲得了真龍的魂力，而恰逢朝廷準備收服萬家，因此發生了屠龍族、萬家和朝廷三方的故事，最後白無暇和朝廷公公雨化田雙雙死在了萬家，同時也害死了萬家家主萬天霸和萬家青年天才萬森，但據萬翼感覺，白無暇和萬森並沒有真正死亡。

　　双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子 配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子 配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪 配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠 配音）和裘马（田中秀幸 配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。                                                                    　　害怕的小新并没有答应帮助多佩玛，第二天，幼稚园新来了一位名叫雪人（古川登志夫 配音）的老师，而雪人来这里的唯一目的，就是夺回小新的扑克牌。很快，笑眯眯胖乎乎的雪人就取得了广志和美伢的信任，并下药将他们迷倒。在这千钧一发之际，小新念出了多佩玛教给他的召唤咒语，打败了雪人。

千年后再度回归的彗星造访地球的一个月前，日本深山的某个乡下小镇女高中生三叶每天都过着忧郁的生活，而她烦恼的不光有担任镇长的父亲所举行的选举运动，还有家传神社的古老习俗。三叶身居这小镇之中，又处于过多在意周围人目光的年龄，因此对大都市的憧憬日益强烈。然而某一天，自己做了一个变成男孩子的梦。这儿有着陌生的房间、陌生的朋友。而眼前出现的则是东京的街道。三叶虽然感到困惑，但是能够来到朝思暮想的都市生活，让她觉得神清气爽。另一方面在东京生活的男高中生立花泷也做了个奇怪的梦。他在一个从未去过的深山小镇中，变成了女高中生。两人就这样在梦中邂逅了彼此。

　　某日，小新（矢岛晶子 配音）一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间（真柴摩利 配音），哪知道竟被吸入了荧幕之中，穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯（小林清志 配音）的男子，在他的铁腕政策下，居民们生活得十分压抑困苦。                                                                    　　在酒吧里，小新找到了风间，可此时的风间已经成为了小镇里的警长。之后，小新邂逅了名为小椿（齐藤彩夏 配音）的女

故事主要回憶太陽系內部戰士以及Sailor Moon的覺醒背景。