故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。                                                                      　　于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。

在“神化”時代的東京，充斥着無數的英雄——“超人”。                                                                      　　他們的誕生理由各有不同。                                                                      　　既有被邪惡組織改造的人，也有來自宇宙的人。                                                                      　　既有來自魔法世界的人，也有來自古代、身爲妖怪而生的人。                                                                      　　既有被科學家製造出來的機器人，也有超自然的史前機器人。                                                                      　　對於這些超人的跋扈，日本政府絕不打算坐視不管——

立花萤（小松未可子 配音）是一位拥有着强烈正义感的少女。某日，她搬入了月城庄公寓，准备开始一个人的生活。让住在202室的萤没有想到的是，自己隔壁竟然住了一个名叫松岗正宗（前野智昭 配音）的牛郎，这个举止轻浮油腔滑调的男人没有给萤留下什么好印象。                                                                      　　矢岛鼎（堀江由衣 配音） 是萤唯一的朋友，某日，鼎告诉萤，自己被一个牛郎骗光了所有的积蓄，这让萤愤愤不平。萤冲到了牛郎店想要找到欺骗鼎的那个牛郎，为好友讨回公道，然而，令萤震惊的是，这个牛郎不是别人，正是自己的邻居松岗。而面对萤的挑衅，松岗竟然提出要用枪来一决胜负，就这样，萤被卷入了一个你争我斗的生存游戏之中。