这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。                                                                      　　于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。

漫画研究部所属的爱、麻衣、美依，一边与逼近地球的邪恶侵略者战斗，一边和竞争对手在淘汰赛中战斗，然而还是一如既往地除了爱以外都没有在画漫画……

故事发生在天保14年的江户。当时在老中?水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内government的压迫，加上外国殖民者入侵的威胁，在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。在不为世人所知的地下，存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的『蛮社改所』，而实际上则是专门对付各国潜入日本的『妖夷』，并负责将他们秘密抹杀的government隐蔽机关。该组织的头目名为小笠原放三郎，是个醉心于“兰学”，并极力证明其实用性的学者。然而却不得不听从南町奉行?鸟居耀藏的差遣。小笠原虽然没有了得的身手，但却与有着能将汉字中蕴藏的不可思议力量“汉神”诱导而出并具现化的高超能力的“妖奇士”龙导往压等人承担着暗中保护江户的职责...

這是奧特曼歐布起源的故事。                                                                      　　遙遠銀河彼方的惑星 O-50（O-Fifty）―                                                                      　　好不容易才走到在那秘境上聳立的「戰士之顛」的2位青年，凱(石黒英雄)及Jagras Juggler(青柳尊哉)，向能夠看清擁有優秀資質之人並授予成為「光之戰士」力量的眩光伸手。光選擇了凱，得到聖劍Orb Caliber的凱成為了奧特曼歐布。                                                                      　　凱及Juggler為了從Dr. Saiki(和泉元彌)操縱的宇宙惡魔别西魯卜的威脅中守護人們而出發。向王立惑星Kanon襲來的Saiki，要求交出繼承戰神之血的女王Amate(福田沙紀)。將軍Raigo(榎木孝明)主張先發制人攻擊，女王Amate下命讓近衛隊長Shinra(前川泰之)與Saiki進行對話。                                                                      　　聲稱自已目的是「創造沒有紛爭的宇宙」的Saiki。尋求真正和平意義的年輕光之戰士・凱。                                                                      　　賭上全宇宙的First Mission(第一個任務)現正開始―。