21世纪初，日本生物科技高度发达，其所研制并独家垄断的生物机器人极大推进了时代的进步，但同时其潜在的危害性也不断受到世界各国的指摘。不满于其他国家对该技术限制的呼声，日本于2067年单方面退出联合国，用高科技手段屏蔽一切外来信号，再次进入锁国状态。                                                                      　　此后整整10年间，关于日本的现状外界一无所知。美国政府急于了解日本当前的状况，虽派出特种部队SWORD秘密潜入这个已经封闭了十个年头的神秘国家。当特种队员VEXILLE（黒木メイサ 音）和里昂（谷原章介 饰）进入日本后，眼前的一切却令他们大吃一惊……

二十世紀最後的夏天。那一天，人類終於知道自己並非地球這顆行星唯一的統治者。                                                                      　　巨型生物「怪獸」，以及驅逐怪獸的終極存在「哥斯拉」出現了。經歷與怪獸之間長達半個世紀的戰爭，人類屢戰屢敗，最終計劃逃出地球。2048年，經過中央政府管理的人工智能篩選，一部分人類乘坐跨恆星移民飛船「阿拉特拉姆」號踏上了前往11.9光年之外的「鯨魚座τ星e」的旅程。然而，人類花費20年所抵達的星球與地球之間的環境差距遠超預期，不適宜人類生存。                                                                      　　移民飛船上有一名青年——晴雄。4歲的時候，他親眼目睹父母被哥斯拉殺害。20年來他始終想着回到地球消滅哥斯拉。移民的可能性已經灰飛煙滅，飛船內的生存環境也越發惡劣，以晴雄爲中心的「重返地球派」成爲主流，他們決定經過危險的長距離亞空間航行返回地球。                                                                      　　然而，地球經過2萬年的演化已經形成了以哥斯拉爲頂端的生態體系，完全成爲了一個未知世界。                                                                      　　最終人類能否奪回地球？晴雄的命運又將如何？

斯塔克公司最新研制的天幕卫星“霍华德”即将升空，它超强的监视功能饱受争议。而托尼·斯塔克则饶有兴致地与战争机器詹姆士·罗德穿着各自的铠甲进行连番惊险刺激的较量。就在此时，号称“突击兵”的武装机器人入侵发射场，与钢铁侠和战争机器展开激烈的混战。而指挥部方面，一名自称以西结的神秘白色铠甲人释放出神秘生物细胞，杀害了所有眼前的生物。钢铁侠在与他的对决中遭遇惨败，指挥塔也彻底毁灭。在此之后，他拒绝向神盾局汇报细节，独自一人找到正在休假的佩珀·波茨，一同调查以西结的身份及其真实目的。                                                                      　　一方面，神盾局对斯塔克紧追不放；另一方面，来自暗处的敌人也接二连三向他袭来……