长谷川康太，17岁，高中2年级。过着极度平凡日子的康太，与同样就读圣川高中的水野祐、吉野俊介、西宫谅、源诚一郎相遇了。与此同时，他那平凡的日常开始被闪耀的光芒点缀出色彩——。                                                                      　　这样的三丽鸥男子们的相遇与闪耀的青春物语。即将开始的，我们的故事——。

忍法杀戮合战，再起。                                                                      　　于庆长之世爆发的三代将军继承人之争，                                                                      　　演变成为甲贺、伊贺的忍法杀戮合战，达到凄惨之极致。                                                                      　　在凋零的花瓣当中，为爱而生的男子与女子，                                                                      　　也梦幻而美丽地消逝——然而。                                                                      　　根据经由服部半藏的继子·响八郎所流传的传闻，                                                                      　　不知是瞬间还是永恒——                                                                      　　由两片花瓣所诞生，残存的两个遗物。                                                                      　　甲贺八郎、伊贺响。                                                                      　　各自有着与父母相似的眼眸而诞生的宿命之子。                                                                      　　时为宽永，太平之世。                                                                      　　忍者已是无用之物，其末路只有隐入黑暗一途。                                                                      　　为了凭借“血”与“力”使其基础坚如磐石，                                                                      　　甲贺与伊贺的人们，对八郎和响寄予了某个期望。                                                                      　　“契约”                                                                      　　——身为亲兄妹，二人背负了结下契约的宿命。                                                                      　　被宿命所翻弄，在迷茫中生存的八郎，                                                                      　　以及遵从自己深切的真情，为爱而生的响。                                                                      　　二人编织的生存之路前方，诞生了未知的现象“樱花”，                                                                      　　在那里，乱世之影渐渐逼近……

事舞台为现代的日本，政府成立了“国立半藏学院”来培养“善忍”来对抗政治家与大企业雇佣的“恶忍”。主角为“国立半藏学院”的五位华丽多姿（欧派很大）的 穿着并不像忍者的女忍者：飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀，宿敌为被称为“秘立蛇女学园”的以焰为首的“恶忍”五人组:焰、咏、日影、未来、春花。