《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。                                                                      　　-----------------------------------------------------------------------                                                                      　　【STAFF】                                                                      　　原作：SR Produce Team                                                                      　　监督：大张正己                                                                      　　监修：寺田贵信、森住惣一郎                                                                      　　系列构成・脚本：竹田裕一郎、八房龙之助                                                                      　　总作画监督：椛岛洋介                                                                      　　总机械作画监督：山根理宏                                                                      　　动作监督：铃木藤雄                                                                      　　机械设定：宫武一贵、カトキハジメ、明贵美加、斋藤和卫、山根理宏、ことぶきつかさ、大张正己                                                                      　　人物原案：河野さち子、斋藤和卫                                                                      　　人物设定：江端里沙、浜崎贤一、大笼之仁、山根理宏                                                                      　　Production设计：中北晃二                                                                      　　音响监督：龟山俊树                                                                      　　主题歌：JAM Project                                                                      　　动画制作 : 旭Production                                                                      　　演出：创通                                                                      　　制作：SRWOG PROJECT                                                                      　　【CAST】                                                                      　　南部响介：森川智之                                                                      　　Excellen Browning：水谷优子                                                                      　　Lamia Loveless：清水香里                                                                      　　Brooklyn Luckfield：杉田智和                                                                      　　水羽楠叶：高桥美佳子                                                                      　　伊达隆圣：三木真一郎                                                                      　　Raidiese Fujiwara Blanstein：置鲇龙太郎                                                                      　　古林彩：冬马由美                                                                      　　古林舞：折笠爱                                                                      　　Viletta Badim：田中敦子                                                                      　　安藤正树：绿川光                                                                      　　Ryune Zoldark：日高奈留美                                                                      　　白河愁：子安武人                                                                      　　Arado Balanga：鸡内一也                                                                      　　Seolla Schweizer：かかずゆみ                                                                      　　Latuni Subbota：平井理子                                                                      　　樱花凪沙：根谷美智子                                                                      　　水无濑大铁：柴田秀胜                                                                      　　Lefina Enfield：岩男润子                                                                      　　Sanger Somvold：小野健一                                                                      　　Raetsel Fein Schmecker：稻田彻                                                                      　　Guiliam Jaeger：田中秀幸                                                                      　　Wendoro：甲斐田雪                                                                      　　Mekiboss：石田彰                                                                      　　Vigaji：草尾毅                                                                      　　Axel Almar：神奈延年

蕾是個非常喜歡花草植物的中學二年級生，繪裏香是個喜歡服裝設計的中學二年級生，某日她們夢見了在一個充滿美麗花草的地方，還有妖精四處飛舞····· 　　而就在幾天後轉學到明堂學園的蕾，真的遇上了在夢裏見到的妖精，妖精也向蕾表示，希望她能夠爲守護“心之大樹”、並讓大家的“心之花”綻放而戰······一次偶然的機會，繪裏香也加入了進來，和蕾成爲了光之美少女……

在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。                                                                      　　很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。

露比（斋藤彩夏 配音）是一只快乐的生活在魔法王国之中的宝石宠物，即将进入魔法学校就读的它却在一开始的入学测试之中就失败了，为了能够继续留在学校之中，露比必须潜入人间，找到那个独一无二的和自己心灵相通的女孩子，带着她一起进入学校深造。                                                                      　　就这样，露比来到了人间，并且顺利的邂逅了自己的真命天女樱明（高森奈津美 配音），除了这个天真可爱善良活泼的小姑娘外，露比还结识了很多的人类伙伴——沉默寡言却外冷内热的神内佑马（立花慎之介 配音）、个性孤僻实际上非常善良的阿鲁玛（高本惠 配音）和无论何时都能保持乐观的米莉亚（竹达彩奈 配音）。

在美國西海岸的中心城市，憧憬着HERO的少年Joey一邊打工，一邊和祖母二人快樂地生活。某天，Joey撿到了一個破爛機器人玩具並着手修理它，然後爲它起名叫“HEROMAN”。之後的某天夜晚，一度強力的閃電擊中了Joey家，機器人玩具被雷光包圍，化身成一個擁有電擊能力的巨大機器人“HEROMAN”。然後，迷之生命體也開始了對地球的侵略。