或許過去，又或許未來，人類大規模向宇宙殖民。當人口膨脹到五千億的時候，散落在宇宙各個角落的人類返回故土地球，卻引發了傷亡慘重的歸鄉戰爭。爲了保護地球這片聖地，人類制定了蓋亞制裁，約定不許任何人染指這裏。可是曾經作爲聯合艦隊艦長的哈洛克（小栗旬 配音）卻背叛蓋亞制裁，駕駛着他的阿爾卡迪亞號高舉叛旗，成爲逃逸一百年之久的通緝犯。聯合艦隊長官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亞馬（三浦春馬 配音）混入阿爾卡迪亞號，探尋尼伯龍根人發明的永動機的祕密。在此期間，哈洛克率領船員向地球挺近，而聯合艦隊則在太陽系佈下天羅地網阻擋他的步伐。遙遠的故土，失落已久的真相，令所有人爲之震驚……                                                                      　　本片根據松本零士的經典科幻漫畫改編。

斯塔克公司最新研制的天幕卫星“霍华德”即将升空，它超强的监视功能饱受争议。而托尼·斯塔克则饶有兴致地与战争机器詹姆士·罗德穿着各自的铠甲进行连番惊险刺激的较量。就在此时，号称“突击兵”的武装机器人入侵发射场，与钢铁侠和战争机器展开激烈的混战。而指挥部方面，一名自称以西结的神秘白色铠甲人释放出神秘生物细胞，杀害了所有眼前的生物。钢铁侠在与他的对决中遭遇惨败，指挥塔也彻底毁灭。在此之后，他拒绝向神盾局汇报细节，独自一人找到正在休假的佩珀·波茨，一同调查以西结的身份及其真实目的。                                                                      　　一方面，神盾局对斯塔克紧追不放；另一方面，来自暗处的敌人也接二连三向他袭来……