作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样kkju.cc每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——

故事开始于一个宇宙中心的一个星球。“银河铁路”的全部的始发站迪斯特尼,主人公有紀学（ユウキマナブ）20岁，继承已故父亲和兄的意思入队守护银河铁路的安全的空间铁路警备队                                                                      　　(通称“SDF”)。SDF，在宇宙中维护银河铁路的运行日程的利益，因为各交通线路发生的事故，自然灾害和救命急救和宇宙海盗的讨伐等。                                                                      　　并与一个谜样的美女蕾拉相遇,她具有人和生物，惑星的命运的预见能力！蕾拉帮助着铁道站的旅行者们而被称为命运的守护者.然而,威胁银河铁道的最大危机迫近,而有纪的命运又会如何呢.

国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此离家出走，跟随萤来到了学园。但没有超能力的她根本无法进入，被学院老师鸣海先生（石田彰 配音）救助后，意外地开发了蜜柑的超能力，于是，机缘巧合下，蜜柑也进入了爱丽丝学园，达成了她和萤在一起的愿望。                                                                      　　新学校的生活有喜有忧。蜜柑所具备的超能力被同学嗤笑为最无用能力，和其搭档的又是问题少年日向枣（朴璐美 配音），不能见相依为命的爷爷，在各种挫折困难面前，蜜柑依然乐观应对，逐渐赢得了大家的喜欢，也收获了和枣的爱情，但前路依旧有各种困难在等着他们……

现世的故事发生地点在日本，男主角馆正成的父母在他11岁那年死于恐怖分子的爆炸事件中，身后遗留下一栋大房子和一大笔遗产。馆是一个极富理想的乐天派，总认为世界上所有的不平都一定可以解决，他认为要改变这个世界必须从教育做起，于是擅于美术的他立志要当个美术老师。                                                                      　　馆在大学时代参加服务性质的社团，并且志愿到国外，担任帮助清除因油轮沉没所留在海面上的油污之义工，而因此认识一同担任义工的女主角桐竹由花。她后来成为一名自由撰稿的杂志记者，并与馆正成订下婚约。                                                                      　　馆正成有一位慈善家叔叔正觊觎他父母的遗产，每每劝他进自己的公司工作，并常常资助他金钱。馆心理很清楚他的目的，所以拒绝这位叔叔。馆的叔叔看中他的那种理想乐天、但不向强势低头的性格，透过他的手下请他做调查海洋污染的工作。不知情的馆正成接下了这个工作，却遭到辐射感染，同时发现这正是他叔叔的陷阱。他虽然通过教师资格考试，却身染重病而使他绝望。在绝望中，属于前世古印加帝国（塔汪汀苏）的战士亚瓦尔的记忆逐渐复苏。                                                                      　　另一位男主角三浦恭资在国中时很叛逆，他总是以为没有人能了解自己，对于父母与社会教给他的那些礼教不屑一顾而到处惹事生非，直到有一天遇到美术兼学校剑道社指导老师馆正成，他的剑道武技让三浦恭资心服口服，从此拜他为师学习剑道。                                                                      　　在一次全国剑道比赛当中由于馆正成异常的伤人举动，使得三浦恭资非常担心。但是他并没有觉醒—三浦恭资的前世是印加帝国的另一个战士比鲁卡。桐竹由花被杂志社派遣至印加帝国的所在地—秘鲁采访，三浦恭资要求随行，才慢慢的发现自己的前世，但是他始终不愿意承认。                                                                      　　在印加帝国的前世里，比鲁卡原本是要献祭的小孩，他从小失怙。为救青梅竹马阿古莉亚(桐竹由花的前世)而杀人，后来在祭坛前被豹神翁沙所救。祭司们认为竟然有豹神相救，一定不是普通人，而且看出他有战士的资质，所以请剑术高超的贵族战士亚瓦尔训练他，亚瓦尔和比鲁卡因此成为好朋友。                                                                      　　由于太阳神的神力伊列塔瑟的力量逐渐转弱，祭司们认为要挑选一位太阳贞女才能重新唤起他的力量。亚瓦尔也爱上了阿古莉雅，但是她不幸被选中成为唤醒伊列塔瑟的太阳贞女。亚瓦尔是个有地位、有名声的贵族战士，不知情的比鲁卡认为阿古莉雅如果嫁给他才会得到幸福，因为自己只是身份卑微、孤苦无依的牧童而已。                                                                      　　基特王国 (另译基图)这时想要抢夺伊列塔瑟的力量，于是塔汪汀苏（即印加帝国）决定出兵平定。亚瓦尔不愿意放弃阿古莉雅，但是王子瓦思卡尔并不允许。亚瓦尔原本是一个小国的王子，在塔汪汀苏大军征服之后被俘虏，他之所以会有今天的身份地位与名声都是拜瓦思卡尔所赐。印加王任命比鲁卡为另一位王子亚达瓦帕麾下效命，亚瓦尔也投身于瓦思卡尔王子的军队中。当比鲁卡得知阿古莉雅被选为太阳贞女后，对亚瓦尔没有尽到保护的责任非常不谅解。其实亚瓦尔也是无能为力的，只能眼睁睁看着他心爱的人被送上祭坛。                                                                      　　经过激烈的战斗，塔汪汀苏终于征服了基特王国，但是比鲁卡也身受重伤。这时老王瓦讷卡巴克（另译瓦伊纳?卡帕克）驾崩，两位王子为了争夺伊列塔瑟以继承王位而爆发内战。然而亚瓦尔却趁情势混乱的时候夺取伊列塔瑟的力量，意欲将混乱的世界毁灭，以重新建立自己心目中的理想国度，引发比鲁卡的反对与阻止，两人成为敌人，最后也都牺牲了。                                                                      　　接着恩怨持续转承至现代，那些在馆与三浦周围，其前世同样为印加帝国的战士与神官的人们也逐渐苏醒了。馆意图重新发动伊列塔瑟的力量毁灭世界，三浦欲再度阻止，那些觉醒的人们分别支持他们两人的作法而形成两边敌对的阵营互相斗争，三浦恭资在自己与比鲁卡、杀与不杀自己恩师的矛盾之中，要如何解除这个危机呢？

在银河的中心支配宇宙的贵族联合舰队与在贵族联合军中崭露头角的贝蒂率领的新贵族舰队发生激烈冲突。这场关系着宇宙命运的战斗以新贵族舰队的胜利告终。                                                                      　　之后，贝提建立了神圣帝国，成为初代皇帝。但是这场战争带来的并不是和平，而是新的专制制度的开始……于是，为打倒贝提政权而站起来的是密雪尔率领的人民军。                                                                      　　有一天，他们潜入了贵族的结婚仪式，成功夺取了领土战舰，但被玛可涅率领的神圣皇帝军舰队的追击击败。当密雪尔被投降的人献出去时，将宇宙的黑暗切断的光芒贯穿了玛可涅的巨型舰。这道光，代表了库雷奥所率领的玻璃舰队压倒性的强大。                                                                      　　舰长库雷奥放言，为了延续王家的血，让王家复辟，他要用这一艘战舰取得天下。在她身上，密雪尔看到了新时代救世主的影子。                                                                      　　另一方面，虽然十字星法王格尔纳为女儿蕾切尔向贝提求婚，却以时机尚早为理由遭到拒绝。但是，在那晚的假面舞会上，在互相不知道底细的情况下，贝提与某个女性相遇。被各种邂逅引导，他们的命运将是……