“聽啊，是正義崩壞的聲音。”                                                                      　　僞裝潛入龍神守望者組織的戰鬥員D，他是否能成功完成任務？

故事发生在遥远的未来，金城拓人（保志总一朗 配音）本是一位平凡的大学生，某日，他和女友玛琪（桑岛法子 配音）参与了一场实验，然而，实验中发生了事故，导致邪恶的外星人弗兰克复活，试验所惨遭破坏，玛琪丧命，拓人亦因此而遭到了毁容。                                                                      　　在神秘人的帮助之下，拓人捡回了一条命，并且以龙·索玛的身份重新回到了大众的视线之中，此时的他内心里只有一个念头，那就是找到弗兰克，为女友报仇。从实验室逃脱之后，弗兰克意外邂逅了名为哈迪（桑岛法子 配音）的女子，并且成为了她的保护着，与此同时，哈蒂在机缘巧合之下成为了拓人的战友，命运让深陷情仇的三人再度相遇。

特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立的特搜队——UPG（全称：Ultra Party Guardians）。守护者神秘的能量水晶体“维克特利水晶”的地底居民“维克特利人”，谋划夺取“维克特利水晶”的宇宙人——切布尔星人艾克塞拉以及他的手下组成的安卓机器人-10和怪兽们、以及新的奥特曼“维克特利·奥特曼”的加入、从泰罗·奥特曼中获得新力量并升级的“银河斯特利姆形态”的登场。将前作规模升级，是一部全面展开冒险的特摄片。

故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。

主角罗那（兰/拿）是一个平凡的月之子（月之居民）。为贯彻月之女王迪安娜的回归地球行动而与另外两个同伴一同被送到地球。因不适应新环境而几乎遇险，被姬艾尔/苏菲亚姐妹所救而为她们家打工。在一次偶然的机会下发现了埋在矿山中的Turn A Gundam并凭借月之子的经验/判断力而驾驶其对抗入侵的月之回归军。动画并没有特意便标榜罗那为New Type。剧中一些细节，例如罗那变装美女“罗伦”，用高达运牛，洗衣服等等都为这部高达增添了一份前所未有的轻松感．                                                                      　　罗兰肩负月之住民的期望，他是为了用自己的肉体证明月之住民适合地球的环境而被送来的少年中的一人。这是月之住民为回到地球而进行的战斗的第一步，可说是一种献身的行为，罗兰顺利地完成了任务，少年们自从落到地球后，适应了地球的环境并溶入了这里的社会……他们相信，当月球的同伙们访问地球的时候，无论是月之住民还是地球人都可以拉起手来成为朋友。                                                                      　　但是现实无情地打碎了少年们的理想。地球人与月之住民各自的道路是不同的，要让两支小流合成一条大河，也许冲突将不可避免。乘上MS的罗兰，虽是月球人，但却成为地球上最强的战斗力。面对最崇拜的月之女王还有在他身上寄予厚望的一帮地球朋友他将怎么样选择自己的命运？？面对苏菲雅和迪亚娜女王（甚至是高安少爷）的爱他又该何去何从？？面对最终劲敌金卡拉姆的Turn X他又将如何应付？？

本作主人公岡部倫太郎（宮野真守 配音）是個患有嚴重中二病的大學生，自稱爲“鳳凰院兇真”的他和夥伴們組成了“未來發明研究所”，在位於秋葉原的一個簡陋實驗室內進行各種古怪發明和調查。　　2010年7月28日這天，岡部和青梅竹馬真由理（花澤香菜 配音）一同去了科學講義會場，在那裏，他們遇見了天才少女牧瀨紅莉棲（今井麻美 配音）。讓人意想不到的事情發生了，岡部在會館樓道內聽到一聲慘叫，他聞聲而至，發現了倒在血泊中的牧瀨。岡部用手機短信將這件事告訴好友橋田至，這個舉動，讓世界都顛覆了。實驗室裏那個所謂的“未來道具”，竟然真的可以左右世界的進程，岡部自此成了孤獨的觀測者。　　這一切都是命運石之門的選擇。

在那遥远的宇宙那一边，来自未知世界的威胁正在步步逼近，恐怖的侵略魔爪正在向地球袭来……                                                                      　　西历2000年，伴随着人类科学的不断发展，人类迎来了凭借“G反应机关”获得梦之能源的光辉代。在首都メトロポリタン与纽约之间的的梦幻子弹列车“闪电号“（时速500公里，行程1.5小时）的开通式上，素不相识的比利·其姆拉，贝尼·卡特和罗塔3人被卷入了不可思议的事件之中——就在眼前的“闪电号”列车居然在彩虹色光芒的包围下之消失了……                                                                      　　比利和贝尼开始追查事件缘由，经过调查，他们发现世界各地都发生了同样的蒸发事件，事实真相被不置可否地掩盖，人们在完全不知道威胁即将来临的情况下不明就里地生活着。国连为了查明原因，设立了极秘的地球防卫组织“迷宫机关”，与即将发生的恐怖事件相对抗。                                                                      　　在偶然的机会下，比利和贝尼开始与“迷宫机关”共同行动，二位少年与迷之宇宙人战斗的超特作科学冒险物语就此展开……

U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。