1937年一名女子被发现死于狐狸塔下，凶手几乎将她残忍地杀害。而警方的调查则草草锁定了几个嫌疑人：一名黄包车夫与一位神秘男子。北平警长方也生报告，尸体被掏空的心脏则难免让人联想起神秘的宗教祭祀活动，如果真的是祭祀，又是有多大的仇恨才要把一个无辜的女孩虐杀致死呢？人们不得而知。历史迷雾重重，这个曾轰动北平的案子藏在时间的尘埃里，而使其浮出表面的却是这个不起眼的注解。
千年后再度回归的彗星造访地球的一个月前，日本深山的某个乡下小镇女高中生三叶每天都过着忧郁的生活，而她烦恼的不光有担任镇长的父亲所举行的选举运动，还有家传神社的古老习俗。三叶身居这小镇之中，又处于过多在意周围人目光的年龄，因此对大都市的憧憬日益强烈。然而某一天，自己做了一个变成男孩子的梦。这儿有着陌生的房间、陌生的朋友。而眼前出现的则是东京的街道。三叶虽然感到困惑，但是能够来到朝思暮想的都市生活，让她觉得神清气爽。另一方面在东京生活的男高中生立花泷也做了个奇怪的梦。他在一个从未去过的深山小镇中，变成了女高中生。两人就这样在梦中邂逅了彼此。
