西历2071年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年，经过长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后…… 原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐，却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。 被称为“SKY GIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！！
傳奇的拉貝爾大陸藏着神祕聖靈力量，而得到力量的方法被記錄在了花之法典之中，並由衆多花仙精靈王守護。傳說中只有被承認的魔法使者才能喚醒力量，並使用它們戰勝邪惡，黑暗女王率領着邪惡軍團爲此向拉貝爾大陸開戰，在普普拉女神和古靈仙族衆多花仙的努力下，解救大陸的命運與一位地球少女捆綁在了一起。她就是傳說中的魔法使者夏安安……動畫根據2009年淘米網的同名遊戲改編。
