公元2019年（正化31年），为了取缔扰乱公共秩序和风俗，侵犯人权的行为，而制定的“媒体良化法”已经经历了30年的考验，媒体良化委员会与“图书队”之间的战争席卷了整个日本。 渴望成为防卫员的图书队员笠原郁，没有向双亲吐露自己的心声，每天勤奋地进行着军事训练。郁在高中时，曾经差一点被一名媒体良化队员抢去书本，好在一位图书队员将其解救。为了成为正义的伙伴，郁把那位连脸都没有记住的图书队员当作是王子，并决定自己也要加入图书队，担负起守护书的责任。 不久，有着卓越运动能力和满腔热情的郁，被派遣到 “图书馆・特种部队”里……
西历2071年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年，经过长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后…… 原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐，却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。 被称为“SKY GIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！！
