故事描写了一对由于灵媒体质而被妖怪纠缠的姐妹，姐姐静流的能力是“见鬼”（看得到妖怪）而妹妹瑞生则是“凭巫”（容易被妖怪附身），而他们可以徘徊于阴阳两界。 不知怎样培育这两个孩子的家庭，决定把他们托付给乡下的祖父母。在乡村平静的生活中，两姐妹从祖父母还有村民那里学习了与妖怪以及自然共存的重要意义，还理解了过去的人们尊重鬼神、敬畏自然的想法，通过植根于乡村生活中的风俗习惯掌握了现代人早已忘记的“珍贵的东西”。
故事描述在称为布雷斯提尔的世界，名为“吉尔多”的巨大组织独霸了航空技术，企图利用手中强大的科技力量控制世界。这个世界的两大国家安纳托雷和度西斯处于交战状态，为了争夺霸权，两国都委托吉尔多设计空中战舰，并且由吉尔多统一提供引擎。两名拥有一艘Oneship的飞行员克劳斯·沃克和拉维·海特，他们经营空运业务。两人在一次飞行器事故中救了名叫做艾尔维斯·汉密尔顿的少女，并且将她送往空中战舰西耶瓦那，从而卷入到悠关世界存亡的大战中去......
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
只有被選上的人才能操縱的「案山子」，據說是神的分身而受人祭祀。就在此時，東京這個大都市竟然陸續出現離奇死亡案件!!究竟是人類所為？還是…
