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镇国公造反，民不聊生，女将军古采兰舍命保护年幼的太子，杀出重围，并化身为老师，隐姓埋名藏身在了南方柳江镇的旋风书院里，以图东山再起。柳江镇的首富柳员外的独子柳淳风，外形俊美，一身好功夫，还擅长音律，可惜性格放浪，整日无所事事。柳淳风早听说旋风书院江河日下，校纪松散，为了轻松悠闲，坚持选择旋风书院就读。同时，赵德先、上官语、沈飘飘、林英雄等几个镇上年轻人，也是抱着各自不同的目的，选择了旋风书院。旋风书院连续输掉多年比赛，书院牌子就快不保。师生们奋力备赛，誓要赢得今年的比赛，却...

刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开……                                                                      　　本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。