童话世界迎来了怪物和人类和平共处的新时代。但上一轮危机的始作俑者巴罗在进入黑暗大门后，被激活了身体内隐藏的神秘血脉。远古基因残存的记忆驱使巴罗去带领远古怪物们向人类复仇，巴罗彻底解开了在上一轮激战中，从黑暗大门的裂缝里逃逸出的三个怪物的封印，他们的能力苏醒，开始大肆破坏城市。猪猪侠震惊之余，得知自己的爸爸巴罗竟然是怪物的首领，决定找到爸爸，让他改邪归正。在已经走上歧途的父亲面前，猪猪侠没有选择助纣为虐，而是决定用亲情呼唤父亲的本心，终于让迫在眉睫的危机再一次消除。
由于风之神希尔的失误而死亡，转生了的青年巧。 从希尔那里收到了表达歉意的各种技能， 然后被传送到他所管理的异世界安特尔蒂亚， 却刚好降落到了危险魔物出没的大森林……。 巧在那片森林中，发现了看起来像是双胞胎的男童女童。 为了两人的安全，取名为艾伦、艾琳娜保护他们。 两人人用格斗术轻易地打倒了魔物，巧对此感到十分震惊， 就这样一路到达了镇上，为了生计…
顾徽作为金针世家传人，无意落入水中，醒来发现自己能看透人心。利用超能力，她成为了皇上的小心肝，太子的掌中宝，许多人的眼中钉肉中刺……
董卓火燒洛陽後，關東聯軍與西涼軍於虎牢關狹路相逢。關羽、張飛協助大哥三英戰呂布，劉備終於一戰成名。呂布暗中、要挾殘兵協助自己暗殺董卓。殘兵前往長安途中遭遇袁紹軍，幸得劉關張相助，劉備誤認撩原火爲子龍。長安城內，殘兵和呂布聯手，對抗以李儒爲首的西涼衆將。雙方鬥智鬥勇，李儒最終和董卓一同殞命。
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
