江户时代末期，在那场惨烈的战争结束后，幕府认输了，天人逐渐渗透到了江户居民的生活当中去，武士道的精神在慢慢衰落，当年骁勇善战的攘夷志士们，也都隐姓埋名得过起了隐居的生活。为了维持父亲的道场，志村新八（坂口大助 配音）和姐姐志村妙（雪野五月 配音）不得不辛苦的工作。为了生 存，在跋扈的天人面前，新八必须忍辱负重。某天，一个自然卷白毛的出现改变了新八的生活，他狠狠教训了欺负新八的天人，却也害得新八丢了唯一的工作。气急败坏的新八追随他的脚步来到了位于小酒吧二楼的“万事屋”，随后他发现，“万事屋”的老板，这个叫做坂田银时（杉田智和 配音）的男人，尽管表面上悠闲懒散，但是却有着一颗“坚决贯彻自己的武士道”的正直的心。银时雇佣了新八，在此之后，对这个时代彻底失望的新八渐渐认识了围绕在银时周围的，善良而美好的人们。                                                                      　　动画片改编自漫画家空知英秋的同名漫画，动画一经播出，立刻引发了“银魂”热潮，开创了“吐槽”与“热血”并存的新的动画类型。

故事开始于一个宇宙中心的一个星球。“银河铁路”的全部的始发站迪斯特尼,主人公有紀学（ユウキマナブ）20岁，继承已故父亲和兄的意思入队守护银河铁路的安全的空间铁路警备队                                                                      　　(通称“SDF”)。SDF，在宇宙中维护银河铁路的运行日程的利益，因为各交通线路发生的事故，自然灾害和救命急救和宇宙海盗的讨伐等。                                                                      　　并与一个谜样的美女蕾拉相遇,她具有人和生物，惑星的命运的预见能力！蕾拉帮助着铁道站的旅行者们而被称为命运的守护者.然而,威胁银河铁道的最大危机迫近,而有纪的命运又会如何呢.

拉瑟尔（小林沙苗 配音）是一个黑发蓝眼，个性坚强的少女。同时，她还有着另一重身份——魔法师。某一日，因为父亲的一句话，拉瑟尔决定踏上修炼的旅途，为了成为更好的魔法师，她必须拓宽自己的眼界，用魔法帮助更多的人。亚尔赛德（樱井孝宏 配音）拥有着悲惨的回忆，痛苦的他发誓要找到杀害自己父亲的仇人，为此，他也踏上了寻仇之旅。在一次偶然中，这样的两人相遇了，虽然旅途的目的大相径庭，但两人还是结成了搭档。                                                                      　　在旅途中，两人遇见了表面上轻浮内心却十分专一的男子巴洛克希德（三木真一郎 配音），后者遂即加入了两人的队伍。随着旅途的延续，纠缠在三人之间的，复杂又真挚的关系开始慢慢浮出了水面。