一早就前来诱惑的朱乃、急速接近的小猫、以及越来越积极的爱莎，莉雅丝对3人燃起了对抗心。处在过激争夺战中心的一诚，尽情享受着幸福的色情生活。 在享受平稳日常的另一方面，超自然研究部成员也逐步准备着与巴力家的排名游戏，以及一诚等人的修学旅行。 修学旅行的目的地，是存在着不同神话体系的京都。一诚等人对观光充满期待，但他们刚一到达就被卷入了祸之团一派与栖息于古都的妖怪们之间的纠纷。一诚为了守护莉雅丝所爱的京都，而摸索新的“可能性”……。
即《偷星九月天之童年故事》之后的又一部《偷星九月天》动画作品。中二少年（少女）们的无节操校园日常、脑洞大开的各种诡异课程、VV侦探学院魔鬼老师与BT校长，各种暗恋与秀恩爱的美好至极的学生生活（三月四月你们够了喂！）尽在《偷星九月天Q》第二季。
