故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
曹顺虽然是摸金校尉的后人，但他的父亲生前从未传授给他任何摸金校尉分金定位的本领。他在村中不学无术，靠他的油嘴滑舌以行骗为生。一日倭寇入村，点名要摸金校尉的后人曹顺帮他寻找神秘宝藏，如若不从就以屠村作威胁。曹顺不得不硬着头皮伪装成资深摸金校尉，带众倭寇寻找宝藏，一路上他用自己擅长的骗术将倭寇玩弄于股掌之间，并设计伏击他们，不料他们却误入到一座真正的墓穴中，遇到真正的机关阵法、幽灵军队、镇墓巨兽等一系列意料之外的麻烦……
平穷的电视局，在缺乏人手的情况下，为拍摄寻找传说中的大章鱼克拉肯，摄影小组前往了魔之海域香蕉三角洲。
