千年后再度回归的彗星造访地球的一个月前，日本深山的某个乡下小镇女高中生三叶每天都过着忧郁的生活，而她烦恼的不光有担任镇长的父亲所举行的选举运动，还有家传神社的古老习俗。三叶身居这小镇之中，又处于过多在意周围人目光的年龄，因此对大都市的憧憬日益强烈。然而某一天，自己做了一个变成男孩子的梦。这儿有着陌生的房间、陌生的朋友。而眼前出现的则是东京的街道。三叶虽然感到困惑，但是能够来到朝思暮想的都市生活，让她觉得神清气爽。另一方面在东京生活的男高中生立花泷也做了个奇怪的梦。他在一个从未去过的深山小镇中，变成了女高中生。两人就这样在梦中邂逅了彼此。
19世纪初，闭关锁国下的日本。一群期盼开国的兰学者（日本近代早期通过学习荷兰语而接触西方文化的知识分子），在幕府掌权下，秘密复制了日本地图。为了将地图副本交予荷兰人，他们派遣年轻的兰学者道庵作为密使出发了。道庵隐藏踪迹行走于山林，而以高山为首的守山人则带着幕府派发的道庵画像，开始了他们的山中围猎……
