董卓火燒洛陽後，關東聯軍與西涼軍於虎牢關狹路相逢。關羽、張飛協助大哥三英戰呂布，劉備終於一戰成名。呂布暗中、要挾殘兵協助自己暗殺董卓。殘兵前往長安途中遭遇袁紹軍，幸得劉關張相助，劉備誤認撩原火爲子龍。長安城內，殘兵和呂布聯手，對抗以李儒爲首的西涼衆將。雙方鬥智鬥勇，李儒最終和董卓一同殞命。
西历2071年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年，经过长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后…… 原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐，却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。 被称为“SKY GIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！！
