1997年回归前夕，多方势力矛盾激化，暴力事件频发。 巨变当前，黑帮龙头林耀昌（任达华 饰）对亲信阿骆（任贤齐 饰）委以帮派重任。多重身份的阿骆在黑白边缘行走，一场除暴行动正悄然掀开反杀的序幕。
刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开…… 本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
