刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开…… 本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
電影講述了子豪生活在海邊小鎮歸港，過着靠海喫飯的日子。一日，他偶遇神祕的女孩小藝，並開始照顧小藝生活。子豪父親所在的遠洋號，捕魚船歸來船員卻全體失蹤。經歷喪父之痛的子豪在小藝的照顧下走出了陰霾，兩人也在一起了。但好景不長，一個名叫老金的神祕中年人來到歸港，揭開了小藝的真實身份——小藝竟然是人魚族！子豪能否接受小藝的身份，小藝能否守住種族的祕密？
