故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
科技發達的機械化理想國度，帝國。驅使超自然力量·星靈術，作爲“魔女之國”受人畏懼的涅比利斯皇廳。兩國的漫長戰爭仍在持續。帝國最強戰力伊思卡和別名“冰禍魔女”的皇廳公主愛麗絲莉潔在激戰中逐漸瞭解對方的真心，被對方的人生理念和理想所吸引，成爲了勁敵。二人在獨立國家阿爾薩米拉粉碎了帝國和皇廳的陰謀，約定改日再見後，走上了各自的道路，卻以意外的形式實現了約定。伊思卡和愛麗絲的妹妹希絲蓓爾達成交易，作爲她的護衛潛入了皇廳。愛麗絲爲了尋找希絲蓓爾，來到了皇廳的都市裏斯伯登。偶然的重逢讓二人的內心燃燒得更加激烈，然而與此同時，帝國的間諜“純血種·受試體E”在皇廳內部暗中活躍，帝國的“特殊任務·女王捕獲計劃”即將啓動。伊思卡和愛麗絲的關係面臨撕裂，他們究竟能否對抗這一命運。
