北宋年間，寺廟老和尚止善收養了一個棄嬰，嬰兒的肚子上留有疤痕“東昌王文之子”，止善發現嬰兒是個半人半狐，毅然決定將其收養並教導他一心向善。他給嬰兒取名王孜，每日教王孜唸經打坐。
富有魅力的牧場主菲爾·伯班克（本尼迪克特·康伯巴奇 飾）讓他周圍的人又敬又怕。當他的兄弟將新婚妻子以及她的兒子帶回家時，菲爾百般折磨他們，直到有一天，他發現自己對愛也存有一絲渴望。
刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开…… 本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
