刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开…… 本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
亨利是一名性格內向的建築設計師，而他的妻子佩妮性格與他完全相反，是一位大膽活潑、像旋風一樣的女子。在亨利即將晉升爲公司合夥人的當天，佩妮和她腹中的寶寶在一場車禍中身亡。亨利無法承受失去愛妻的痛苦，他保留着家中的原樣、拒絕填寫訃告、無心工作也不願參加社交活動，直到他發現了佩妮生前讓他幫助的小女孩米莉。米莉的父親在她幼年時拾到一本航海日誌，於是乘着木筏遠航再也沒能歸來。思念父親的米莉每日收集廢舊傢俱只爲建造一艘木筏去往父親曾嚮往的地方。亨利決定幫助米莉完成心願。沉迷於建造木筏而不修邊幅的亨利令佩妮的母親大爲光火，但亨利卻樂在其中，並在此過程中緬懷着佩妮。當得知佩妮離世時米莉就在身旁並記掛着他之後，亨利決定收拾心情開始新生活。亨利和米莉乘着他們的木筏開始遠航。
