故事發生在二戰期間的英國。湯姆·傑里科是一名出色的密碼破譯專家，他在布蘭徹利公園密碼破譯中心工作，幫助盟軍破解代號爲“謎”的密碼。在這裏，他與一位女僱員，克萊爾·羅米利發生了一段短暫而熾烈的感情。克萊爾美麗動人，但卻是個謎樣的神祕女子，在她身上似乎隱藏着不少祕密。儘管如此，在破譯中心她還是吸引了大批的追逐者，湯姆僅僅是其中的一個罷了。 而對湯姆來說，自從5年前戰爭爆發他開始這份辛苦的工作以來，他就沒有再享受過生活的樂趣和愛情的甜蜜，因而他很快就陷入了對克萊爾深深的迷戀中。不過，顯然克萊爾並不投入，她不久就厭煩了，並提出分手另結新歡。湯姆頓時一蹶不振，工作時也心不在焉。這種沮喪和痛苦終於被傲慢的上司激發出來，他衝動地對上司大打出手。這一舉動使他被調職，但不料一個月後，他竟然又被調回了中心。 此時的布蘭徹利公園正處於一片混亂中，面臨着一場災難性危機的考驗。德軍突然改變了密碼系統，而更改的密碼需要在短時間內破譯。因爲盟軍正準備把一批重要的軍需物資運往英國，在此之前必須查明德軍是否會有襲擊行動以及具體的地點和時間等一系列軍事機密。而湯姆作爲破譯“謎”密碼的專家，自然得參與到這項緊急任務中來。但是德軍是如何知道他們的密碼已經被破譯了呢？顯然，在布蘭徹利公園有間諜。嫌疑馬上落到了克萊爾身上，自德軍的信息中斷以後她就杳無音訊了。經過調查，發現的證據居然表明克萊爾已遭人謀殺。此時，懷疑的目光開始轉向她的前任男友湯姆。湯姆的處境很不妙，他發現自己不僅被疑心爲殺害克萊爾的兇手，甚至還有可能被當作叛徒。 湯姆開始集中精力破譯德軍的新密碼，他的助手正是克萊爾的室友，海斯特·沃利斯。與風情萬種的克萊爾相反，海斯特是個單純拘謹的女孩。時間十分緊迫，他們不但要搶在德軍發動襲擊前解開密碼，還要揭開籠罩在克萊爾身上的重重迷霧。與此同時，一名政府的高級間諜，溫格雷也在暗中關注他們的行動。他心裏很清楚他們正在慢慢靠近一個驚人的祕密。果然，湯姆和海斯特逐漸發現在這樁事件背後存在一起重大的陰謀，直接牽涉到英國政府的高層。在此過程中，他們也開始相互吸引……
刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开…… 本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
